1517'de Yavuz Sultan Selim'in Mısır Seferiyle halifelik Osmanlı Devletine geçti. Mukaddes emanetler istanbul'a getirildi. Osmanlı Devleti'nin yükselişiyle beraber, İslam tarihinde farklı bir dönem başladı. Bu dönemde müslümanlar Viyana önlerine kadar ilerledi. Her ne kadar Osmanlı Devleti'nin tarih sahnesinde olduğu dönemde başka İslam devletleri bulunsa da, Osmanlı Devleti yükseliş ve hatta gerileme döneminde bile daima önemli bir konuma sahip oldu, dünyann değişik yerlerinde yaşayan müslümanlar çoğu zaman düşmanlarına karşı Osmanlı Devletinden yardım istemişlerdir. Osmanlı Devleti başka ülkelerdeki müslümanlara yardım etmek amacıyla Endülüs'ün Müslümanların elinden çıkmasından sonra buradaki Müslüman ve Yahudileri Kuzey Afrika'ya ve Osmanlı topraklarına taşıdı. Fas'ta Portekizliler'le savaştı. Yine Portekizliler'e karşı Endonezya Adalarındaki Müslümanlara yardım etmek amacıyla Portekizliler'le Hint Okyanusu'nda savaştı.

Avrupalıların her alanda güçlenmesiyle beraber, 19. asırın sonları ve 20. asrın başlarında Müslümanların yaşadığı coğrafyanın büyük bir bölümü batılı devletler tarafında sömürge haline getirildi. I. Dünya Savaşının hemen öncesinde düyada sadece üç bağımsız islam devleti vardı. Osmanlı Devleti İran ve Afganistan. Osmanlı Devleti I. Dünya Savaşı'nı kaybedince başkent İstanbul ve Anadolu'nun bazı yerleri işgal edildi. Kurtuluş Savaşı'ndan sonra İtilaf devletleri Türk topraklarından çıkarıldı. Türkiye'de Cumhuriyet ilan edildi.

400 yıldan fazla Türklerin elinde kalan halifelik 3 Mart 1924'te çıkarılan bir kanunla kaldırıldı. Son halife ve Osmanlı Hanedanının bütün üyeleri Sürgüne gönderildi. Son Halife Abdülmecid Efendi1944'te Paris'te sürgünde iken vefat etti. Cenazesi Ölümünden uzun bir zaman sonra Medine'de torağa verildi.